In de 12e eeuw werd de plaats in een kopie van een document uit 822 vermeld als Hitinkufe en Hintinlvofe. In dezelfde eeuw werd op een kopie van een document van 825 vermeld als Hindahlop.
In een vervalst document uit de 13e eeuw werd de plaats vermeld als Hindelepum, in 1398 als Hinlopen, in 1436 als Hindelopen, in 1486-1487 als To Hindelepen, in 1579 als Hindeloopen. De plaatsnaam zou verwijzen naar de sprong (hlop) van de hinde (hinda). De naam zou dus verwijzen naar de plaats waar herten paren.
Hindeloopen is in de 8e eeuw ontstaan als een kleine nederzetting, maar groeide uit tot een niet onbelangrijke plaats. Doordat de Zuiderzeekust veranderde, kwam Hindeloopen aan zee te liggen en werd het een handelsplaats. Deze kreeg in 1225 stadsrechten en is een van de Friese elf steden. Ondanks dat degr stad geen haven had, maar slechts een rede in de Zuiderzee , was Hindeloopen lange tijd een belangrijke aanlegplaats voor schepen vanuit Amsterdam die op doorreis waren. In 1368 tekende de stad een overeenkomst met de Hanze . De stad zou geen Hanzestad worden maar wel nauw verbonden blijven met deze handelsorganisatie. De Hindelooper Grootschippers voeren in hun fluitschepen naar de Oostzee om handel te drijven. Ze verkochten in de Oostzeelanden veel Nederlandse producten zoals jenever en wollen stoffen. Op de terugreis naar Hindeloopen werd hout getransporteerd naar Amsterdam en de Zaanstreek . Uit deze periode stammen ook de bijzondere leefcultuur, de Hindelooper schilderkunst en de Hinderlooper klederdracht .
De bloeiperiode van de stad lag tussen 1650 en 1790, toen Hindeloopen een grote vloot bezat van ruim tachtig schepen. Volgens gegevens van de lokale belastingen uit 1749 had de stad 1600 inwoners. Aan de kapitale 17e- en 18e-eeuwse kapiteinshuizen is nog te zien hoe rijk de Hindeloopers waren.
In de 18e eeuw nam het belang van de stad af door de concurrentie van Amsterdam en doordat tijdens de napoleontische tijd handelsbeperkingen werden opgelegd. De stad verarmde en werd steeds meer een vissersplaats. De vissersschepen droegen de lettercode HI.
Hindeloopen vormde een zelfstandige gemeente, tot die in 1984 samen met Workum , Stavoren en een groot deel van Hemelumer Oldeferd opging in de nieuwe gemeente Nijefurd . Per 1 januari 2011 maakt Hindeloopen deel uit van de fusiegemeente Súdwest-Fryslân .
Eigen dialect
Hindeloopen kent een dialect dat sterk afwijkt van het Westerlauwers Fries , het Hindeloopers of Hylpers. De stad had weinig contact met het achterland, maar vanuit Hindeloopen werd handel gedreven met Scandinavië , overige landen rond de Oostzee en Engeland . Het dialect is hier sterk door beïnvloed. Het meest opvallende is dat het de middeleeuwse klinkers behouden heeft. Omdat het zo afwijkt van het Fries is het dialect voor de meeste Friezen moeilijk te verstaan.
Hindeloopen is een van de 11 steden van de 11 stedentocht. Leeuwarden , de hoofdstad van Friesland , is vanouds de start- en aankomstplaats. De Elfstedentocht werd voor het eerst (officieel) in 1909 gereden en wordt maximaal eenmaal per winter gehouden. De tocht kan alleen georganiseerd worden als de toestand van het ijs het toelaat. In totaal werd de tocht vijftien maal verreden. De recentste tocht vond plaats in 1997 . Er heeft nog nooit zo veel tijd tussen twee edities gezeten als nu. Het oude record stond op 8070 dagen, tussen de edities van 1963 en 1985.
Iedere Elfstedenstad heeft een Elfstedenfontein. De inspiratiebron voor de fontein van Hindeloopen is de levensboom op het stadswapen, met het hert en de hinde die hem omringen. De boom symboliseert de levensenergie, maar staat ook voor wijsheid. Het hert en de hinde voeden zich hiermee. Nu zetelen prachtige exotische vogels in de boom. Als je op het grote, houten gewei zit dat de boom omringt, zie je hoe ze waterspuwend met elkaar ‘praten’.
Hindeloopen had vroeger zijn eigen klederdracht. Anno 21ste eeuw toont alleen de folkloristische zang- en dansgroep "Aald Hielpen" de klederdracht nog bij optredens in Hindeloopen of ver daarbuiten, tot in Amerika en Japan toe.
